השימוש בעצים אבולוציוניים יכול לסייע  לקבוע מתי חל אירוע התפצלות של שושלות של מחלות וכך לשמש להגנה על אנשים בבית משפט.

עצים אבולוציוניים מאפשרים לנו לקבוע את תבניות הפיצול של שושלות וגם את הזמן שבו חל הפיצול. המידע על התזמון שימושי מאוד כשרוצים להבין מתי התרחש אירוע של הדבקה.

לדוגמה, בשנת 1999 הואשמה קבוצה של עובדי בריאות זרים בלוב בהדבקה מכוונת של ילדים בנגיף HIV. עדויות שונות הצביעו על כך שהסיבה להתפרצות המגפה הייתה נעוצה בתנאי ההיגיינה בבית החולים. צוות חוקרים בינלאומי ריצף קטעי גנום של נגיפי HIV של הילדים שנדבקו ושחזר עץ שכלל את הרצפים הללו ורצפים של נגיפי HIV נוספים. הנגיפים של הילדים נמצאו מקובצים יחד בקלייד אחד, מה שמרמז על מקור יחיד להדבקה, אך נמצאו גם הבדלים רבים ביניהם, מה שמעיד על כך שהם עברו שינויים מאז התפצלו מהאב הקדמון המשותף, כלומר, שעבר זמן מה מאז ההתפצלות.

החוקרים השתמשו במודלים מתמטיים לתיארוך האירועים ומצאו שהנגיף החל להדביק ילדים בבית החולים בשנת 1995 או 1996, כלומר, לפחות שנתיים לפני הגעת עובדי הבריאות הזרים. מכך הסיקו החוקרים שעובדי הבריאות הזרים לא יכלו להיות המקור להפצת הנגיף. ככל הנראה, חולה שביקר בבית החולים לפני שנת 1997 היה הנשא של הנגיף שהביא למקרי ההדבקה, והרגלי היגיינה לקויים בבית החולים, כמו שימוש חוזר במחטים, אפשרו את המשך ההדבקות. עובדי הבריאות הזרים שוחררו לאחר פרסום כתבות רבות בנושא ומשא ומתן ממושך. 

שיטות דומות משמשות אותנו ללמוד על ההיסטוריה האבולוציונית של הזן הנפוץ ביותר של נגיף ה-HIV. החוקרים גילו שהזן הנפוץ של הנגיף עבר משימפנזים לבני אדם בשנת 1908 וחשפו את מהלך ההתפשטות של מגפת האיידס. מחקרים דומים שחזרו את מהלך ההתפשטות של מגפות נוספות, כגון מגפת השפעת הספרדית בשנת 1918, וסיפקו מידע לגבי התנאים שמעודדים נגיפים לעבור מבעלי חיים לבני אדם.

להבין אבולוציה