ישנן כמה תפיסות שגויות נפוצות שמקורן במחשבה אינטואיטיבית לגבי קרבה בין טקסונים בעץ הפילוגנטי:

  • ענף ארוך ללא פיצולים בעץ הפילוגנטי מעיד על שינויים אבולוציוניים מעטים בשושלת וסביר שנשמרו לאורכו תכונות קדומות, או שהוא אפילו האב הקדמון של יצורים אחרים בעץ.
  • שינוי אבולוציוני מתרחש רק בצמתים שבעץ הפילוגנטי.

ברוב העצים הפילוגנטיים, אורך הענף אינו מעיד על מספר השינויים האבולוציוניים שהתרחשו לאורכו. ענפים ארוכים ללא פיצולים מופיעים בעץ כאשר קלייד קטן הוא קבוצת-אחות של קלייד גדול. זה יכול לקרות כאשר הקלייד הקטן מכיל מעט שושלות או כשהחוקר בחר להציג מעט טקסונים מתוך הקלייד. לדוגמה, בעץ השמאלי, צמחים בעלי פרחים הם קבוצת-אחות של קלייד גדול יותר ולכן הם בעלי ענף ארוך יותר מהקליידים האחרים. בעץ הימני מוצגים כמה קליידים שמקננים בתוך הקלייד צמחים בעלי פרחים, ולכן הענפים התקצרו. לקבוצת חוץ יש במקרים רבים ענף ארוך ללא פיצולים, מכיוון שאנחנו מציגים רק קלייד קטן שלהם, ולא בגלל שהם בעלי תכונות קדומות יותר וכמובן שלא בגלל שהם פחות מפותחים. אפילו כאשר קלייד באמת מכיל מעט שושלות, זה לא מלמד דבר לגבי השינויים האבולוציוניים שהקלייד הזה עבר.

אז איפה מתרחשים שינויים אבולוציוניים? מפתה לחשוב ששינויים אלה מתרחשים בפיצולים לאורך העץ. חשוב לזכור, שלמעשה, הפיצולים בעץ מעידים על פיצול שושלת אב לשתי שושלות בת. שינוי אבולוציוני יכול להתרחש בכל נקודה לאורך הענפים. לאורך האבולוציה הארוכה של שושלות מצטברים בהדרגה שינויים רבים. מאז הפיצול בין הדו-פסיגיים לחד-פסיגיים חלו שינויים רבים בשושלת החד-פסיגיים – במספר הפסיגים בזרע, בסידור העלים על הגבעול והעורקים על העלים, במבנה השורש ובמספר עלי הכותרת.