ישנן כמה תפיסות שגויות נפוצות שמקורן במחשבה אינטואיטיבית לגבי לגבי "התפתחות" או "התקדמות" אבולוציונית:

  • אנשים נוטים לתפוס את האבולוציה כתהליך של "התפתחות" או "התקדמות", אך זוהי תפיסה שגויה: אנו נוטים לחשוב שטקסונים מאורגנים בשרשרת ארוכה של קיום, שבה חלק מהטקסונים, למשל בני אדם, מפותחים או מתקדמים יותר מאחרים. 
  • תפיסה אינטואיטיבית ושגויה נוספת היא שישנה שושלת מרכזית, שמייצגת את ההתקדמות של ההיסטוריה האבולוציונית, והשושלות האחרות בפילוגנזה מייצגות מסלולים צדדיים. 
  • כאשר אנו קוראים עץ פילוגנטי, אנו נוטים להניח שטקסונים שמופיעים בחלק הימני של עצים פילוגנטיים שמופנים כלפי מעלה, או טקסונים שמופיעים בחלק העליון של עצים פילוגנטיים שנוטים על צדם, מפותחים יותר מטקסונים אחרים באותו עץ.

חשוב להבין שהייצוג הנכון של יחסים בין טקסונים הוא מבנה דמוי עץ (פילוגנזה), שבו הטקסונים מוצגים כקצות הענפים. ייצוג חזותי כזה מחזק את התפיסה שהטקסונים אינם מפותחים יותר או פחות, אלא כולם נמצאים בקצות הענפים. התפיסה של יצורים "מפותחים" ו"נחותים" נטועה עמוק בתפיסתם של אנשים רבים ויש לה מקורות בהיסטוריה המדעית. אך הרעיון הזה מייצג תפיסה מוטה של עולם הטבע, שמתרכזת באדם ומודדת את היצורים האחרים על פי קרבתם לאדם ועל פי הדמיון שלהם אליו. מנקודת מבט שאינה מוטה, ברור שאין שום מדד יחיד לפיו אנחנו יכולים למדוד מינים. לדוגמה, אם נחליט שהמדד הוא יכולות פוטוסינתטיות, נגלה שצמחים עילאיים הם המפותחים ביותר; אם המדד יהיה מספר הפרטים, החיידקים יזכו במקום הראשון, וכך הלאה. בחינה של תכונות שונות תביא אותנו למסקנה שונה לגבי מידת ההתפתחות של מינים שונים. 

זהירות!

תצוגות גרפיות שמשתמשות בגזע מרכזי שממנו מסתעפים ענפים מחזקות את התפיסה השגויה הזו. עצים פילוגנטיים מייצגים בצורה מדויקת יותר את היחסים בין המינים – הם מייצגים את הקשרים האבולוציוניים מבלי להעניק למין אחד עליונות על מין אחר. 

באיור זה, הקווים הכחולים מייצגים שושלות זהות. יש דרכים שונות לסובב את הענפים ולהציג את העץ מבלי לשנות את המידע שטמון בו. כשמציירים עצים בצורה לא מאוזנת (כמו העץ השמאלי), קל לטעות בהבנת העץ ולחשוב שאחת השושלות היא המרכזית בעץ. אך מנקודת מבט מדעית, האבולוציה אינה מכוונת מטרה ואין נתיב מרכזי שלאורכו היא מתרחשת. בעצים שבאיור זה, שמציגים את ההיסטוריה האבולוציונית של החולייתנים, אפשר לעקוב אחר התפתחות היונקים, אך באותה מידה אפשר לעקוב גם אחרי ההיסטוריה האבולוציונית של הדו-חיים. כדאי לנסות להימנע מעצים לא מאוזנים, מכיוון שהם מעודדים את התפיסה השגויה הזו. וחשוב לזכור שאפשר לסובב את הענפים סביב צירם מבלי לשנות את העץ הפילוגנטי.

המיקום של טקסון בעץ נגזר מהיחסים בינו לבין טקסונים אחרים ומהסיבוב של הענפים. המיקום של טקסון-קצה אינו מעיד על מידת התפתחות או התקדמות. באיור הבא מוצגות כמה דרכים שונות להציג את אותו העץ. בעץ השמאלי, האורנים מופיעים בענף הימני ביותר, אך הם בשום פנים ואופן לא מפותחים, מתקדמים או טובים יותר מקבוצות צמחים אחרות שמיוצגות בעץ. יתרה מכך, אפשר לסובב את הענפים סביב צירם ולהציג את האורנים במקומות שונים בעץ, מבלי לשנות את היחסים האבולוציוניים שבין האורנים לקבוצות הצמחים האחרות שבעץ. כשחוקרים את ההיגיון שמאחורי התפיסה השגויה הזו, חשוב להבין שהתקדמות אבולוציונית אינה רעיון מדעי. למרות שמפתה לחשוב על יצורים דומים לאדם כמפותחים יחסית, זו אינה תפיסה מדעית. כמו כן, תכונות קיצוניות (למשל עיניים מורכבות או יכולת פוטוסינתטית) מופיעות בכמה טקסוני-קצה. פעמים רבות, כשמייצרים עץ פילוגנטי, שמים קבוצות כאלו בקצה העץ, אבל סיבוב פשוט של הענפים סביב צירם מדגים עד כמה החלטה זו היא שרירותית. 

למרות שהאורנים מופיעים בצד הימני ביותר של העץ השמאלי, הם לא מפותחים או מתקדמים יותר משאר הטקסונים בעץ. אפשר לסובב את הענפים סביב צירם ולקבל עצים שבהם האורנים לא ממוקמים בקצה הימני של העץ, אך המידע שמוצג בהם זהה.