ישנן כמה תפיסות שגויות נפוצות שמקורן במחשבה אינטואיטיבית לגבי קרבה בין טקסונים בעץ הפילוגנטי:

  • אנשים נוטים לחשוב שדמיון שטחי מעיד על קרבה אבולוציונית ושטקסונים שקרובים זה לזה דומים יותר זה לזה מאשר לטקסונים רחוקים אבולוציונית.
  • תפיסה אינטואיטיבית שגויה נוספת היא שמידת הקרבה בין טקסונים קשורה ישירות למספר הצמתים שמפרידים ביניהם.
  • רבים טועים לחשוב שחלק מהטקסונים שבקצות הענפים הם האבות הקדומים של טקסונים אחרים שנמצאים בקצוות אחרים של העץ.

חשוב להבין שהמדד לקרבה אבולוציונית הוא האב הקדמון המשותף. שושלות שחולקות יותר אבות קדומים הן יותר קרובות אבולוציונית זו לזו. תבנית ההסתעפויות של העץ היא מדד אמין לקרבה שבין טקסונים. טקסונים-אחרונים הם "בני דודים" שחולקים אב קדמון משותף ולא אבות וצאצאים זה של זה. טקסונים קרובים אבולוציונית לא תמיד דומים זה לזה במראה או במבנה, וישנם גם מקרים שבהם מינים שאינם קרובים זה לזה דווקא דומים מאוד מבחינה חיצונית. 

המורפולוגיה יכולה ללמד אותנו על קרבה בין טקסונים, אך חשוב לוודא שהתכונות שבהן אנחנו מתמקדים הן תכונות משותפות שמקורן באב הקדמון המשותף. לדוגמה, למרות הדמיון החיצוני בין נחש לתולעת (גוף ארוך וחסר רגליים), מבנה הגוף הבסיסי (שלד גרמי וקשקשים) מעיד על כך שהנחשים דווקא קרובים אבולוציונית ללטאות. מכיוון שקצב השינוי האבולוציוני שונה בשושלות שונות, ועקב תהליכים של התכנסות אבולוציונית, טקסונים שקרובים מאוד זה לזה מבחינה אבולוציונית עלולים להיראות שונים מאוד זה מזה, ואילו טקסונים רחוקים יכולים להיראות דומים במבט ראשון. למשל, דולפינים וכרישים דומים זה לזה, למרות שהדולפינים הם יונקים והכרישים הם דגי סחוס. מכאן שתבנית ההסתעפויות שמודגמת בעץ לא תמיד תואמת לתחושה האינטואיטיבית שלנו, שנובעת מדמיון שטחי.

צמתים מייצגים אבות קדמונים משותפים, אך מספר הצמתים שמפרידים בין שני טקסונים תלוי במספר הטקסונים שכללנו בניתוח. לדוגמה, בעץ למטה משמאל, ישנם שלושה צמתים שמפרידים בין דו-חיים לקווצי עור (קבוצה שכוללת, בין השאר, כוכבי ים וקיפודי ים). אם העץ הפילוגנטי היה כולל גם כרישים (כפי שמופיע בעץ הימני), היו ארבעה צמתים בין הדו-חיים לקווצי העור, אך מידת הקרבה בין דו-חיים לקווצי עור לא הייתה משתנה כמובן. המדד הנכון לקרבה בין טקסונים הוא הזמן שעבר מאז שהם חלקו אב קדמון משותף. יצורים שחלקו אב קדמון לאחרונה קרובים זה לזה יותר מיצורים שחלקו אב קדמון משותף לפני זמן רב.