מחקרים שונים בחנו שגיאות נפוצות בהבנת עצים פילוגנטיים בקרב סטודנטים, מרצים והקהל הרחב. המחקרים מצאו שרבות מהטעויות הללו נובעות מכך שהסברים שהם הגיוניים ונכונים בהקשר היום-יומי, דווקא מבלבלים ומטעים אותנו בהקשר של התהליך האבולוציוני. השגיאות הנפוצות הללו נובעות מניסיון לפרש את המידע בדרך "אינטואיטיבית". חשוב להכיר את ה"מלכודות" הללו כדי להימנע מהן:

חשוב להבין שהייצוג הנכון של יחסים בין טקסונים הוא מבנה דמוי עץ (פילוגנזה), שבו הטקסונים מוצגים כקצות הענפים. ייצוג חזותי כזה מחזק את התפיסה שהטקסונים אינם מפותחים יותר או פחות, אלא כולם נמצאים בקצות הענפים.

חשוב להבין שהמדד לקרבה אבולוציונית הוא האב הקדמון המשותף. שושלות שחולקות יותר אבות קדומים הן יותר קרובות אבולוציונית זו לזו. תבנית ההסתעפויות של העץ היא מדד אמין לקרבה שבין טקסונים. טקסונים-אחרונים הם "בני דודים" שחולקים אב קדמון משותף ולא אבות וצאצאים זה של זה. 

התפיסה האינטואיטיבית שלנו היא שחלק מהיצורים שחיים כיום הם בעלי היסטוריה אבולוציונית ארוכה יותר מאחרים ולכן הם "מפותחים" יותר מאחרים. למעשה, כל היצורים שחיים כיום חולקים אב קדמון משותף, ולכן כולנו התפתחנו במשך אותה תקופת זמן בדיוק – כ-3.5 מיליארד שנה.

ברוב העצים הפילוגנטיים, אורך הענף אינו מעיד על מספר השינויים האבולוציוניים שהתרחשו לאורכו. ענפים ארוכים ללא פיצולים מופיעים בעץ כאשר קלייד קטן הוא קבוצת-אחות של קלייד גדול. זה יכול לקרות כאשר הקלייד הקטן מכיל מעט שושלות או כשהחוקר בחר להציג מעט טקסונים מתוך הקלייד.