עצים פילוגנטיים הם דרך מצוינת להציג בצורה גרפית מידע מורכב על ההיסטוריה של התפתחות קבוצות ו/או מינים  ועל הקשרים המשפחתיים ביניהם. עם זאת, עצים פילוגנטיים יכולים להיות מבלבלים. הנה כמה דגשים שיעזרו לכם להימנע מטעויות בקריאת עצים:

ציר הזמן מתקדם מהשורש לקצות הענפים ולא לאורך הענפים. כלומר, מה שקרוב יותר לשורש קדום יותר. זאת אומרת שאף טקסון-קצה אינו אב קדמון של טקסון-קצה אחר, אלא טקסוני-קצה חולקים אב קדמון משותף. אם נשווה עץ פילוגנטי לאילן יוחסין, ניתן לומר שהיחס בין טקסוני-קצה דומה ליחס שבין דודים, ולא בין אב לבנו. למשל, שימפנזים ובני אדם הם שני טקסוני-קצה, ולכן השימפנזים הם "בני דודים" שלנו ולא האבות הקדמונים שמהם התפתחנו.

תבנית ההסתעפויות של העץ מעידה על יחסים; טקסונים שחולקים יותר אבות קדומים משותפים קרובים יותר זה לזה. למרות שמפתה לחשוב שטקסוני-קצה שממוקמים זה לצד זה בעץ קרובים זה לזה פילוגנטית, המצב לא תמיד כך. הסתכלו היטב על העץ למטה. העיגול והכוכב סמוכים זה לזה, אך האב הקדמון האחרון המשותף שלהם נמצא ממש בבסיס העץ. למעשה, הכוכב והמלבן יותר קרובים זה לזה מאשר הכוכב והעיגול, מכיוון שהאב הקדמון המשותף האחרון שלהם צעיר יותר מזה של הכוכב והעיגול.  

עצים מתארים יחסים אבולוציוניים ולא התפתחות אבולוציונית. רבים טועים לחשוב שיצורים שנמצאים בצד אחד של העץ מתקדמים או מפותחים יותר מיצורים שנמצאים בחלק אחר של העץ. למעשה, הרעיון לפיו יש יצורים "מפותחים יותר" אינו מדעי – אין לנו מדד אמין שאינו מוטה ל"התפתחות". וחוץ מזה, תכונות "מפותחות" מאוד יכולות להופיע בכל טקסון-קצה. המיקום של טקסון-קצה אינו מעיד על מידת הקדמה, ההתפתחות או ההתאמה שלו.

אחת הדרכים להימנע מהשגיאה הזו היא סיבוב של הענפים: כפי שמוצג בדוגמה למטה, אפשר לסובב את הענפים סביב כל צומת מבלי לשנות את היחסים האבולוציוניים שמוצגים בעץ. כשמסובבים את הענפים משתנה הסדר שבו הם מוצגים, אך לא המידע לגבי היחסים האבולוציוניים עצמם. חשבו על העץ הפילוגנטי כעל מובייל שתלוי בחדר הילדים מהשורש. כשהרוח נושבת והענפים מסתובבים, סדר הענפים יכול להשתנות, אבל היחסים ביניהם לא ישתנו. 

חשוב מאוד להתאמץ ולהבין עצים אבולוציוניים, מכיוון שהם כלי בסיסי הכרחי להבנת ביולוגיה מודרנית והם מופיעים יותר ויותר בספרי לימוד, בטקסטים של מדע פופולרי ובתצוגות מוזיאליות. יתרה מכך, עצים אבולוציוניים מעבירים לא רק מידע לגבי היחסים בין טקסונים בודדים, אלא מעבירים את המסר הבסיסי של ההיסטוריה האבולוציונית: שלכולנו יש אב קדמון משותף. החיים על פני כדור הארץ מגוונים מאוד וקל לנו להתמקד בתכונות שמבחינות בין היצורים השונים. הפילוגנזה מדגישה את הצד השני של המטבע – הקשרים המאחדים של ההורשה הגנטית והאב הקדמון המשותף, שהופכים את כל היצורים החיים למשפחה אחת.