הוראת אבולוציה היא משימה מאתגרת. האבולוציה עוסקת בטווחי זמן בלתי נתפסים, בתהליכים אקראיים ובשונות בתוך קבוצות, ובמקרים רבים דורשת חשיבה מופשטת ומורכבת. נוסף על כך, האבולוציה מתנגשת עם אמונות של רבים בכל שלוש הדתות המונותיאיסטיות.